Si la Montbéliarde présente des facultés fromagères très intéressantes, ce n’est pas un hasard. En Franche-Comté, berceau de la race, la transformation fromagère est une tradition ancestrale. Les traces des premières « fruitières » comtoises remontent au XIIIème siècle. Aujourd’hui encore, on dénombre plus de 185 ateliers de transformation dans cette région, soit le tiers du total national. 6 fromages AOP y sont produits : Comté (60 % de la collecte), Morbier, Mont d’Or, Bleu de Gex, Gruyère et Munster. Les 2 écoles d’industrie laitière (Mamirolle et Poligny) forment des fromagers depuis 1878.
La genèse de la race commence au XVIIème siècle, à partir d’ancêtres, eux-mêmes, reconnus pour leurs aptitudes fromagères, en particulier, la Taurache et la race de Berne. Le XIXème siècle correspond à une période de fort développement pour les coopératives fromagères. Dès lors, la Montbéliarde sera sélectionnée pour ses qualités laitières, et pour faire face aux contraintes fixées par la filière fromagère. En 1891, certaines fruitières faisaient déjà appel à un « contrôleur laitier » pour surveiller les ateliers et être conseillées.
Les écoles laitières participèrent fortement à la diffusion des mesures d’hygiène et de qualité. Par le système de prêts réciproques de lait pour fabriquer un fromage de garde, les éleveurs comtois ont conçu un système coopératif robuste. Ce fut un levier pour l’amélioration de la qualité du lait ; la livraison biquotidienne amenait les producteurs à côtoyer le fromager et à comparer leurs résultats, en toute transparence, lors des réunions de sociétaires.
Selon J-M Ducret, « la fierté et la nécessité passent avant la paie quand on est de bons coopérateurs ». La sensibilité du monde fromager et la coopération ont incité à l’amélioration de la fromageabilité du lait. Dès les années 1930, des techniciens appelés « chimistes » faisaient des tests « à la soude » pour traquer les vaches à « cellules ». Depuis longtemps, en Franche-Comté, le prix du lait est pénalisé à partir de 250 000 cellules /ml. Ce n’est donc pas un hasard si la Montbéliarde démontre une faculté de résistance aux mammites au-dessus de la moyenne et si son lait permet de bons rendements. Ce socle historique a, petit à petit, impacté la génétique montbéliarde. La race a intégré de nombreux cahiers des charges de fromages AOP et s’est imposée dans les régions à forte culture fromagère (Massif-Central, Alpes…).